Su nombre deriva del apodo que los italianos usan para sus aviones de exploración del Sahara en la Segunda Guerra Mundial, el cual deriva de la palabra italiana usada para el viento arenoso, caliente y seco que sopla en el desierto del Sahara. Aunque el nombre es del italiano, la pronunciación cuando se refiere al Estudio es 'ji-bri' o 'ji-bu-ri', para adaptarse a la fonética japonesa. La teoría detrás del nombre era que ellos estaban "soplando" un nuevo viento en la industria de la animación[cita requerida].
Fundado en 1985, está dirigido por el galardonado director Hayao Miyazaki (宮崎 駿 Miyazaki Hayao) junto a su amigo y mentor Isao Takahata. Sus orígenes datan de 1983, con la película Nausicäa del Valle del Viento (風の谷のナウシカ Kaze no tani no Naushika, 1984), que empezó como un manga en una publicación de la revista Tokuma Shoten (徳間書店). Tokuma era la compañía "madre" del Estudio Ghibli, y cedió a Disney los derechos de video y distribución de varias películas; entre ellas La princesa Mononoke (もののけ姫 Mononoke Hime, 1997) y El viaje de Chihiro (千と千尋の神隠し Sen to Chihiro no kamikakushi, 2001). El compositor Joe Hisaishi ha creado la banda sonora para muchas de las películas del Studio Ghibli.
Debido a la fama de los estudios se abrió en las afueras de Tokio el Museo Ghibli.
El 1 de septiembre de 2013, el director de cine y cofundador de la compañía, Hayao Miyazaki, anuncia su retirada a través de un comunicado oficial